Die älteste und wohl bekannteste Evangelische Kirche in Athen ist im Jahr 1871, von Michalis Kalopothakis (1825-1911) gegründet worden. Er wurde in Mani, Peloponnes geboren, wo im Jahr 1835 zwei Philhellenen aus USA, G. W. Leyburn und S. Houston, kurz nach der Unabhängigkeit des Landes von den Ottomanen, eine Schule für griechische Kinder gegründet hatten. Der 10jährige Kalopothakis besuchte diese Schule, bei der jeden Tag die Bibel gelesen und gelehrt wurde. Nach seinem Medizinstudium in Athen und einer kurzen Ausübung des Arztberufes, ging er nach New York und besuchte das Theologische Seminar der Universität von Columbia. Zurück in Griechenland gründete er eine evangelische Gemeinde. „Die Nation braucht geistliche Aufklärung und Reformation und dies kann nur auf der Basis der Bibel geschehen“. Ein weiterer Zweig der evangelischen Gemeinden in Griechenland hat seine Wurzeln bei griechischen Flüchtlingen aus Kleinasien, die 1923, nach dem erzwungenen Bevölkerungsaustausch mit der Türkei, nach Griechenland kamen. Es gab damals ca.35 Griechische Evangelische Gemeinden in Kleinasien und Pontos, die von amerikanischen und britischen Missionaren Anfang des 19. Jahrhunderts gegründet worden waren. Die Missionare wollten das Ottomanische Reich christianisieren und die griechischen Evangelischen Gemeinde gelten sozusagen als Nebenprodukt dieser Bewegung. Als diese griechischen Flüchtlinge nach Griechenland kamen, gründeten sie überall ihre evangelischen Kirchen. Sie sind vielerorts auf dem Festland und auf Inseln zu finden.
Eine andere evangelische Bewegung in Griechenland, die der Freien Evangelischen Gemeinden, hat ihre Wurzeln in einer kleinen Gruppe von jungen griechischen Studenten in Athen, die im Jahr 1910 zusammenkamen, um zusammen die Bibel zu lesen. Sie sehnten sich nach der Wahrheit des Evangeliums. Der bekannteste von ihnen war der Mathematiker Kostas Metallinos, der auch als der Gründer der Freien Evangelischen Gemeinden Griechenlands im Jahr 1948, gilt.
